- The Who & Special Guests - Live at Royal Albert Hall 2000 (CD Duplo 2003): Já lançado em DVD (veja abaixo), inclusive no Brasil, em 2001, esta versão em CD contém algumas faixas a mais, como "Getting In Tune", cantada por Eddie Vedder, além de, "I'm One", "Let's See Action" e "See Me, Feel Me".

- Searching For Melody - Steve Turner (2003): Stone Gossard participa deste álbum solo do guitarrista do Mudhoney e ex-parceiro de Stone no Green River.

- You Are Free - Cat Power (2003): Eddie Vedder participa do álbum da cantora alternativa Cat Power (nome real: Chan Marshall) nas faixas "Good Woman" e "Evolution". Dave Grohl é o outro convidado do álbum. Lançado no Brasil.

- We're a Happy Family - Tributo aos Ramones (2003): Eddie Vedder com a banda Zeke fazem uma cover da canção "I Believe In Miracles" dos Ramones. Numa edição especial e limitada deste CD, há outra cover feita por Vedder com o Zeke, a canção "Daytime Dilemma (Dangers Of Love)". Outros artistas presentes neste CD: U2, Red Hot Chili Peppers, Tom Waits, Kiss, Metallica, Rancid entre outros. Lançado no Brasil.

- Red Letter Days - The Wallflowers (2002): Mike McCready toca guitarra neste álbum do Wallflowers, banda que tem como líder Jacob Dylan, filho do cantor/compositor Bob Dylan. Lançado no Brasil.

- Trilha-Sonora do Filme "Homem-Aranha" (2002): Matt Cameron toca bateria na canção "Hero", acompanhado por Chad Kroeger (vocal), Josey Scott (vocal do Saliva) e Tyler Connolly (guitarrista do Theory Of A Dead Man). Lançado no Brasil.

- Trilha-Sonora do Filme "I am Sam" (2002): A trilha-sonora do filme "I am Sam", com Sean Penn, reúne vários artistas tocando covers dos Beatles. Eddie Vedder participa com a cover de "You've Got to Hide Your Love Away", em que ele canta e toca todos os instrumentos. Também estão na trilha: Ben Harper, Wallflowers, Nick Cave, Black Crowes, entre outros. Lançado no Brasil.

- America: A Tribute to Heroes (2001): CD e DVD registrando o evento televisionado em setembro de 2001, que reuniu vários artistas do cinema e da música, para arrecadar fundos às vítimas dos atentados terroristas aos EUA. Eddie Vedder, Mike McCready e Neil Young aparecem com uma bela versão de "Long Road". Lançado no Brasil.

- 7 Worlds Collide - Neil Finn & Friends -Live at St. James (2001): CD e DVD ao vivo do compositor Neil Finn (ex-Crowded House), que traz um registro da uma semana de shows em Auckland, Nova Zelândia, em abril de 2001. Neil reuniu um supergrupo, que incluiu membros do Radiohead, Johnny Marr (ex-Smiths), Eddie Vedder e outros. A cover da canção "Parting Ways" do PJ integra essa compilação, numa versão com Ed Vedder, Ed O'Brien e Phil Selway do Radiohead, Johnny Marr, Neil Finn e Lisa Germano. Ed aparece em outras canções como "Take a Walk", "History Never Repeats" e etc.

- The Who & Special Guests - Live at Royal Albert Hall (2001): Este é um DVD com a apresentação beneficente do The Who, em Londres, realizada em 27 de novembro de 2000 para angariar fundos ao Teenager Cancer Trust. Eddie Vedder aparece nas canções "I'm One", "Let's See Action" e "See Me, Feel Me". Lançado no Brasil.

- Substitute - The Songs of The Who (2001): O Pearl Jam participa deste álbum-tributo à banda The Who, com a versão ao vivo da música "The Kids Are Alright".

- Free the West Memphis Three (2000): Eddie Vedder se juntou ao Supersuckers na cover da música "Poor Girl" da banda punk de Los Angeles, X. Este álbum, que tem outras bandas participando, foi lançado com o intuito de ajudar 3 jovens de uma pequena cidade americana acusados de um crime hediondo, sem haver provas concretas contra eles. Ao que tudo indica, eles foram colocados como suspeitos por gostarem de rock e vestirem camisetas de bandas de rock. Lançado no Brasil.

- Trilha-Sonora do Filme "Almost Famous" (2000): A trilha-sonora do filme "Quase Famosos" tem Mike McCready tocando guitarra na canção "Fever Dog" com Nancy Wilson e outros membros do Lovemongers. Também estão na trilha: Led Zeppelin, The Who, Allman Brothers, etc. Lançado no Brasil.

- Trilha-Sonora "Cradle Will Rock" (2000): Eddie Vedder faz um dueto com a atriz Susan Sarandon na música 'Croon Spoon', para esta trilha sonora do filme 'Cradle Will Rock' ("O Poder Quer Dançar, 99), de Tim Robbins, marido da atriz. O casal Tim Robbins & Susan Sarandon são fãs do Pearl Jam.

- Pete Townshend Live (1999): Disco ao vivo do guitarrista Pete Townshend do The Who, que é também o grande ídolo de Eddie Vedder. Gravado no House Of Blues, em Chicago, o álbum traz a participação de Eddie Vedder cantando em 'Magic Bus' e em 'Heart To Hang Onto'. Eddie já se apresentou com Pete Townshend no talk-show 'Late Show with David Letterman', em 1999.

- Music For Our Mother Ocean III (1999): Terceiro disco organizado pela Surfrider Foundation, pela proteção dos oceanos e praias. O Pearl Jam aparece com a música 'The Whale Song', escrita pelo ex-baterista Jack Irons. O disco também tem músicas do Red Hot Chili Peppers, Jane's Addiction, Beck, Beastie Boys, Lit, Smashmouth, Brian Setzer Orchestra com Brian Wilson, Paul McCartney, entre outros. O Pearl Jam já havia participado do primeiro álbum, lançado em 1996.

- Sem Fronteiras - Em Benefício dos Refugiados de Kosovo (1999): Os grandes destaques deste álbum em benefício aos refugiados de Kosovo, são os hits surpresa 'Last Kiss' e 'Soldier of Love'. O álbum traz músicas do Rage Against The Machine, Alanis Morrisette, Neil Young, Oasis, Korn, Black Sabbath, Peter Gabriel, The Wallflowers, entre outros. Na versão brasileira há duas músicas tocadas por bandas nacionais (Mestre Ambrósio e Dread Lion).

- "Chicago Cab" Soundtrack (1998): Trilha-sonora do filme 'Chicago Cab', em que o Pearl Jam cedeu duas faixas: 'Who You Are' do No Code e uma música exclusiva chamada 'Hard To Imagine'.

- Bridge School Benefit (1997): Compilação com 15 faixas de artistas que participaram do Bridge School Benefit Concerts, organizado por Neil Young, em benefício de crianças com problemas motores e de linguagem. O Pearl Jam aparece com a balada 'Nothingman'. Entre outros artistas, há faixas do próprio Neil Young, Tom Petty, Bonnie Raitt, Simon & Garfunkel, Don Henley, David Bowie, Pretenders, Elvis Costello, Beck, Ministry, entre outros.

- "Breaking the Ethers" - Tuatara (1997): Mike McCready participa da canção "The Getaway" nesse álbum instrumental do projeto Tuatara, que tem Peter Buck do R.E.M..

- Tibetan Freedom Concert (1997): Álbum triplo com apresentações tiradas do Tibetan Freedom Concert, traz o Pearl Jam com a bela 'Yellow Ledbetter', tocada por Mike McCready e Eddie Vedder, em junho de 1997. O Tibetan Freedom Concert é um concerto organizado por integrantes do Beastie Boys, em repúdio à opressão da China sobre o Tibete. Entre as demais participações no evento há artista como U2, Radiohead, REM, entre outros.

- Music For Our Mother Ocean I (1996): Primeiro disco organizado pela Surfrider Foundation, pela proteção dos oceanos e praias. O Pearl Jam aparece tocando 'Gremmie Out Of Control'.

- We're Outta Here! - Ramones (1996): Home Video dos Ramones que tem uma participação de Eddie Vedder na canção "Any Way You Want It". Lançado no Brasil.

- "Hype! The Motion Picture" Soundtrack (1996): O Pearl Jam aparece nesta trilha-sonora com 'Not For You', tirada de uma apresentação da banda para uma rádio, em 1995. O filme, que chegou a sair no Brasil com um certo atraso, é um documentário sobre o cenário rock de Seattle.

- Dust - Screaming Trees (1996): Mike McCready faz uma aparição em 'Dying Days', neste álbum do Screaming Trees.

- Trilha-Sonora "Dead Man Walking" (1996): Trilha-sonora do filme 'Os Últimos Passos de um Homem', com Susan Sarandon e Sean Penn. Eddie aparece cantando em parceria com o artista de World Music Nusrat Fateh Ali Khan (falecido em 1999).

- Trilha-Sonora "The Basketball Diaries" (1995): Trilha-sonora do filme 'Diário de um Adolescente', com Leonardo Di Caprio. O Pearl Jam toca "Catholic Boy" com Jim Carroll nos vocais. Jim Carrol é um escritor, cuja vida é retratada no filme.

- Ball-Hog or Tugboat - Mike Watt (1995): Álbum de Mike Watt em que Eddie Vedder participa da canção "Against the 70's" com Mike Watt, Dave Grohl (Nirvana, Foo Fighters) e Krist Novoselic (Nirvana).

- In Defense of Animals (1993): Álbum beneficente em defesa dos animais, em que o Pearl Jam colabora com a canção "Porch".

- Stone Free: A Tribute to Jimi Hendrix (1993): Jeff Ament e Mike McCready com Chris Cornell e Matt Cameron tocam 'Hey Baby' de Jimi Hendrix, neste álbum em homenagem ao guitarrista. Lançado no Brasil.

- Recipe for Hate - Bad Religion (1993): Eddie Vedder aparece nas músicas 'American Jesus' e 'Watch It Die', no álbum 'Recipe For Hate'. Lançado no Brasil.

- Trilha-Sonora "Judgment Night" (1993): Pearl Jam & Cypress Hill juntos tocando 'Real Thing' na trilha sonora do filme 'O Julgamento Final'. Lançado no Brasil.

- Sweet Relief (1993): Álbum-tributo à cantora Victoria Williams, que sofre de esclerose múltipla. A música é a bela 'Crazy Mary', escrita por Williams e muito bem interpretada pelo Pearl Jam.

- Bob Dylan - The 30th Anniversary Concert Collection (1993): Eddie Vedder e Mike McCready aparecem com uma excelente versão da música 'Masters of War' do Bob Dylan, neste álbum gravado durante um show em homenagem aos 30 anos de carreira de Dylan. Também há Eric Clapton, Tom Petty, Neil Young, entre outros.

- Trilha-Sonora "Singles" (1992): Trilha-sonora do filme 'Singles - Vida de Solteiro', em que o Pearl Jam contribuiu com duas canções: "Breath" e "State of Love and Trust." Jeff, Stone e Ed apareceram no filme como membros de uma banda de Seattle chamada Citizen Dick, com o ator Matt Dillon como um dos integrantes. Também estão na trilha: Jimi Hendrix, Soundgarden, Mother Love Bone, Smashing Pumpinks, Screaming Trees, etc. Lançado no Brasil.